JpaPagingItemReader
не пропускает записи. Вероятно, в вашем случае происходит то, что некоторые записи, соответствующие вашим критериям поиска, добавляются, когда ваш читатель читает данные. Это может привести к неправильному вычислению страницы, и некоторые элементы могут показаться пропущенными, но это не так.
Задание пакетной обработки по определению действует на фиксированный набор данных. Если ваш запрос возвращает фиксированный набор данных во время выполнения задания, одни и те же страницы должны возвращаться для каждого запуска задания. Если, с другой стороны, другой процесс вставляет данные, которые могут быть возвращены вашим запросом, проблема может возникнуть.
Надеюсь, это поможет.