Полагаю, все, что вам нужно сделать, это проверить правильность ввода, чтобы выдать исключение.
public static void numberFactorial() {
System.out.println("Option 2 selected, enter a number: ");
int number = sc.nextInt();
if(number < 0){
throw new IllegalArgumentException()
}
// ... rest of the code
}