Если вам просто нужно включить короткую команду в целевой формат, тогда вы можете использовать raw elements для целевого формата:
`<br><hr><br>`{=html}
`\begin{center}\LARGE{$\Psi\quad\Psi\quad\Psi$}\end{center}`{=latex}
Первая строка будет включена только в форматы HTML (например, epub), а последняя будет использоваться при экспорте в LaTeX или через него.
Для более длинного текста, или если вы не хотите писать напрямую в целевом формате, я бы рекомендовал использовать огражденные div в сочетании с фильтром Пандока , например. фильтр Lua ; это работает как с необработанным pandoc, так и с RMarkdown.