Вы можете выполнить импорт в 0 строк из файла CSV с помощью запроса:
SELECT *
INTO StructureOnlyTable
FROM [Text;FMT=CSVDelimited;HDR=Yes;DATABASE=C:\Path\To].[MyFile#csv]
WHERE 1=0
Обратите внимание, что для этого используется процесс, отличный от TransferText, и требуется указать параметры импорта совершенно иным образом. Подробнее о том, как настроить импорт здесь