Вы должны иметь правильную иерархию. Во-первых, нет, вы не можете иметь
#include <Cryptor/MD5Encryptor.h>
с вашими текущими настройками, не во время сборки библиотеки и не без выравнивания иерархии при установке ваших файлов (что может сделать CMake).
Что вы можете сделать:
#include <Cryptor/core/abstract/MD5Encryptor.h>
, если вы добавляете свой проект в папку Cryptor
вместо того, чтобы находиться в корне вашего проекта.
Я бы посоветовал вам создать файл Cryptor.cmake
, который позволит людям забрать вашу библиотеку после установки, чтобы им не нужно было знать, где находится библиотека или как называется библиотека.