Просто попробуйте исправить цикл for
a=[]
for k in range(stack1.shape[0]):
A=stack1[k,:,:]
a.append(A.dot( numpy.conj(numpy.transpose(A)) ))
np.array(a)
Out[399]:
array([[[0., 0., 0.],
[0., 0., 0.],
[0., 0., 0.]],
[[0., 0., 0.],
[0., 0., 0.],
[0., 0., 0.]]])