Я думаю, что это правильный путь, вам придется заново инициализировать элемент select
после изменения его значения
Если вы хотите обновить элементы внутри выбора, просто повторно запустите код инициализации сверху после редактирования исходного выбора. Или вы можете уничтожить выбранный материал с помощью этой функции ниже и создать новый выбор в целом Materializecss Docs
var select = $('select');
// initialize
select.formSelect();
$('button').on('click', function() {
// change
select.val(2);
// re-initialize material
select.formSelect();
});