Попробуйте это
это дает вам точное значение
<input type="text" class="form-control timepicker" name="shiftStartTime" id="shiftStartTime" required placeholder="HH:MM:SS" />
Сценарий
<script type="text/javascript">
$('.timepicker').timepicker({
'timeFormat': 'H:i:s',
});
</script>
Код контроллера
$shiftstarttime = $this->input->post('shiftStartTime');
убедитесь, что типом столбца в базе данных является время