Вам нужно будет добавить переназначение времени к рассматриваемому слою:
myLayer= app.project.item(x).layer(y);
myLayer.timeRemapEnabled = true;
timeRemap = mylayer.property("Time Remap");
timeRemap.setValueAtTime(theTime , theValue); // or is it (theValue, theTime)?
Перераспределение времени является свойством объекта Layer в AE.