Вам нужно сделать два запроса (может замедлить ваш процесс). Один для выбора идентификаторов и другой для обновления соответствующих идентификаторов
while True:
connection = sqlite3.connect('database.db', timeout=60)
cursor = connection.cursor()
# Get IDs to update
rows = cursor.execute("SELECT id FROM row WHERE status='status'")
ids = [str(x) for x, in rows] # Transform tupple list to list of string
# Update corresponding IDs
cursor.execute(
"UPDATE row SET value='value' WHERE id in ({0})".format(','.join(ids)))
# Do what you want with `ids`...
connection.commit()
connection.close()