Не прямой ответ на ваш вопрос, но я также столкнулся с проблемой запуска консольного приложения из другого каталога. Я не уверен, является ли это лучшим / "наиболее переносимым" решением, но если вы довольны наличием сценария bash в качестве промежуточного звена:
#!/usr/bin/env bash
CURRENT="$(dirname "$0")"
ROOT_DIR="$CURRENT/.."
(cd $ROOT_DIR && pipenv run python3 app/console.py "$@")
и вот как выглядит структура каталогов моих проектов:
.
├── Pipfile
├── Pipfile.lock
├── app
│ ├── __init__.py
│ └── console.py
└── bin
└── console
и теперь вы можете запустить /absolute/path/to/bin/console
из любого места.