У меня была такая же проблема здесь. Я использую Python 3 и Ubuntu, но когда я набираю 'pip install pixiedust', он устанавливался в Python 2 (по умолчанию в Ubuntu).
Что сработало для меня:
pip3 установить pixiedust
pip3 install pixiedust_node
С этим я могу использовать %% pixie_debugger в своих ячейках, и он отлично работает.