[Обновить] Перечитав ваш вопрос, я не думаю, что вы спрашиваете, можете ли вы сделать прямоугольники с прямоугольником или нет!
В примере используется d3-rectbin , и вы можете установить и .dx, и .dy на желаемое значение - установите их одинаковыми для квадрата, разными для прямоугольника.
Вы можете попробовать это здесь:
http://blockbuilder.org/fabid/a1a7d04bdd34c2096eaf
В этом примере вы увидите следующие строки кода. Измените .dx и .dy на разные значения.
var size = 20;
var rectbin = d3.rectbin()
.dx(size)
.dy(size);