awk: изменить значение поля условно на основе значения другого столбца - PullRequest
Новая
       11

awk: изменить значение поля условно на основе значения другого столбца

0 голосов
/ 07 мая 2018

У меня есть таблица snp150Common.txt, где второе и третье поля $2 and $3 могут быть равными или нет.

Если они равны, я хочу, чтобы $2 стал $2-1, так что: 

chr1    10177   10177   rs367896724 -   -   -/C insertion   near-gene-5
chr1    10352   10352   rs555500075 -   -   -/A insertion   near-gene-5
chr1    11007   11008   rs575272151 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    11011   11012   rs544419019 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    13109   13110   rs540538026 G   G   A/G single      intron
chr1    13115   13116   rs62635286  T   T   G/T single      intron
chr1    13117   13118   rs62028691  A   A   C/T single      intron
chr1    13272   13273   rs531730856 G   G   C/G single      ncRNA
chr1    14463   14464   rs546169444 A   A   A/T single      near-gene-3,ncRNA

становится: 

chr1    10176   10177   rs367896724 -   -   -/C insertion   near-gene-5
chr1    10351   10352   rs555500075 -   -   -/A insertion   near-gene-5
chr1    11007   11008   rs575272151 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    11011   11012   rs544419019 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    13109   13110   rs540538026 G   G   A/G single      intron
chr1    13115   13116   rs62635286  T   T   G/T single      intron
chr1    13117   13118   rs62028691  A   A   C/T single      intron
chr1    13272   13273   rs531730856 G   G   C/G single      ncRNA
chr1    14463   14464   rs546169444 A   A   A/T single      near-gene-3,ncRNA

Моя текущая команда адаптирована с https://askubuntu.com/a/312843:

zcat < snp150/snp150Common.txt.gz | head | awk '{ if ($2 == $3) $2=$2-1; print $0 }' | cut -f 2,3,4,5,8,9,10,12,16

дает тот же вывод: 

chr1    10177   10177   rs367896724 -   -   -/C insertion   near-gene-5
chr1    10352   10352   rs555500075 -   -   -/A insertion   near-gene-5
chr1    11007   11008   rs575272151 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    11011   11012   rs544419019 C   C   C/G single      near-gene-5
chr1    13109   13110   rs540538026 G   G   A/G single      intron
chr1    13115   13116   rs62635286  T   T   G/T single      intron
chr1    13117   13118   rs62028691  A   A   C/T single      intron
chr1    13272   13273   rs531730856 G   G   C/G single      ncRNA
chr1    14463   14464   rs546169444 A   A   A/T single      near-gene-3,ncRNA

Любая помощь очень ценится.

1 Ответ

0 голосов
/ 07 мая 2018

Этот ответ основан на чисто предположениях о формате исходного файла: 

$ zcat snp150/snp150Common.txt.gz | 
  awk '
  BEGIN { OFS="\t" }                       # field separators are most likely tabs
  {
      if ($3 == $4)                        # based on cut these should be compared
          $3=$3-1
      print $2,$3,$4,$5,$8,$9,$10,$12,$16  # ... and there fields printed
  }
  NR==10 { exit }'                         # this replaces head

И помните: практика (что угодно, кроме сосания) заставляет вас меньше сосать.

...