Для моих проектов Zend Framework я делаю это с помощью Ant-задачи SQL, поэтому при развертывании приложения с помощью Ant запускается сценарий sql для создания таблиц (если они не существуют). Я думаю, что вы могли бы сделать то же самое с phing, если вы знакомы с этим.
Извините, это не совсем прямой ответ на ваш вопрос, но если вы используете что-то вроде Ant, это может сделать работу за вас.