Я не знаю, как работает GAC для .NET Core, но он должен отражать обычную систему Windows, по сути, это то, чем является служба приложений с работниками Windows, Windows Server + специальная песочница.
Просто dir /a /s newtonsoft*.dll
от корня диска D в Kudu , и это должно указать вам на DLL в GAC.