Я знаю, что это старый пост, но если у кого-то есть доступ к серверу оболочки (даже не с правами root) и инструменты клиента mysql, вы можете сделать
myisamchk --recover --ft_min_word_len=2 mytable.MYI
В любом случае, вы, вероятно, должны планировать запускать его каждый день, чтобы включить новые значения.