Как настроить График Важности, сгенерированный пакетом "randomForest"

Question

График важности:

Я хочу выровнять текст по оси Y вправо, а также хочу покрасить переменные в соответствии с другой группой переменных,Например, Limonene и Valencane, a-Selinene и g-Selinen находятся в одной группе, соответственно.

Но я не могу найти какой-либо код для настройки сюжета в пакете "randomForest".У вас есть предложение для настройки?Спасибо!

Answer 1

Вот рабочий пример для подражания:

Вам нужно создать нужную группировку, затем использовать ggplot с geom_bar.

set.seed(4543)
data(mtcars)

library(randomForest)
mtcars.rf <- randomForest(mpg ~ ., data=mtcars, ntree=1000, keep.forest=FALSE,
                          importance=TRUE)
imp <- varImpPlot(mtcars.rf) # let's save the varImp object

# this part just creates the data.frame for the plot part
library(dplyr)
imp <- as.data.frame(imp)
imp$varnames <- rownames(imp) # row names to column
rownames(imp) <- NULL  
imp$var_categ <- rep(1:2, 5) # random var category

# this is the plot part, be sure to use reorder with the correct measure name
library(ggplot2) 
ggplot(imp, aes(x=reorder(varnames, IncNodePurity), weight=IncNodePurity, fill=as.factor(var_categ))) + 
  geom_bar() +
  scale_fill_discrete(name="Variable Group") +
  ylab("IncNodePurity") +
  xlab("Variable Name")

Вы можете сделать то же самое для другой меры важности, просто измените соответствующую часть графика (weight = %IncMSE).

Обновление на основе ответа OP:

ggplot(imp, aes(x=reorder(varnames, IncNodePurity), y=IncNodePurity, color=as.factor(var_categ))) + 
  geom_point() +
  geom_segment(aes(x=varnames,xend=varnames,y=0,yend=IncNodePurity)) +
  scale_color_discrete(name="Variable Group") +
  ylab("IncNodePurity") +
  xlab("Variable Name") +
  coord_flip()