После того, как пакет заработал (целевые x86 и .Net 4.6 или выше), сравнение должно быть таким простым:
var source = new SchemaCompareDatabaseEndpoint("YourSourceConnectionStringHere");
var target = new SchemaCompareDatabaseEndpoint("YourTargetConnectionStringHere");
var comparison = new SchemaComparison(source, target);
var result = comparison.Compare();
var differences = result.GenerateScript("YourDatabaseNameHere");
string script = differences.Script;