Вы можете использовать user_data для загрузки и последующей передачи в ваш докер-контейнер, используя docker run -e CONTAINER_ENV_VAR=$EC2_ENV_VAR
или в свой Dockerfile.
для ключей или любых конфиденциальных данных. Я бы посоветовал вам использовать хранилище параметров, вы можете указать пароли, пользователей или любые другие данные, которые вам нужны, и использовать сервисный вызов chamber