Хэш файла должен быть постоянным до тех пор, пока файл идентичен (то есть содержит только одни и те же байты в том же порядке). Очень редко можно найти приложения, которые переписывают свое представление на диске во время выполнения, поэтому хэш должен быть постоянным. Существуют самоизменяющиеся программы, но они, как правило, работают с загруженной в память копией своего кода, а не с диска.
Редактировать: мы должны рассмотреть «самообновляющиеся» приложения, но они, как правило, запускают небольшую вспомогательную программу для загрузки и обновления основного приложения. Трудно (особенно в Windows) обновить исполнение во время его работы. Системы UNIX, как правило, работают с системами копирования при записи, поэтому вполне возможно, что обновление программного обеспечения может изменить ваш исполняемый файл под вашими ногами - но, опять же, это «угловой случай».