Git не позволит вам клонировать непосредственно в непустую папку, что для вашей выгоды, особенно если вы хотите безопасный подход.
Безопасный способ сделать это - клонировать репо в обычном режиме.куда вы обычно клонируете свои репозитории, например /home/myusername/myrepos или что-то еще.Затем просто скопируйте нужные файлы в /var.Если вы хотите, вы можете настроить символические ссылки так, чтобы они указывали из-под /var на файлы в вашем хранилище.
Я бы не , ни при каких обстоятельствах не рекомендуем /var и символические ссылкиэто в вашем репо (или удаление его и клонирование над ним).На /var/ полагаются многие процессы в вашей системе.Подобные действия могут вызвать проблемы, в значительной степени гарантированные.
Другая альтернатива - настроить /var в качестве git-репо.Это будет возможно только в том случае, если в вашем хранилище задано содержимое из /var, а не сама папка.Если в вашем репо находится /var, вам нужно будет клонировать /, а я действительно не думаю, что вам следует это делать.
Я не рекомендуюлибо этот подход. При этом, вот такой же вопрос: Как мне клонировать в непустую директорию? .Ответ , относящийся к вам рекомендует
cd /var
git init
git remote add origin YOUR_REMOTE_URL
git fetch
git reset origin/master