Ваша проблема в том, что вам нужно явно close()
файл, в который вы пишете, прежде чем вы сможете снова открыть его для чтения из него.
Но весь этот промежуточный файл не имеет смысла (как я уже говорил ).Просто обработайте все данные в памяти перед записью их в выходной файл.
use strict;
use warnings;
use feature 'say';
use LWP::Simple;
my $dateField = 'date=2018-12-31';
my $currency = "USD";
my $filename = 'doc3.txt';
my $address = "https://www.oanda.com/rates/api/v1/rates/$currency.csv?"
. "api_key=gpolonsky&decimal_places=4&$dateField&fields=averages&"
. "quote=USD"e=AUD"e=BRL"e=CAD"e=GBP&"
. "quote=CHF"e=CNY"e=DKK"e=HKD"e=INR&"
. "quote=IDR"e=ILS"e=JPY"e=MXN"e=NOK&"
. "quote=PHP"e=PLN"e=SGD"e=sKK"e=ZAR&"
. "quote=KRW"e=SEK"e=TWD"e=THB"e=EUR&"
. "quote=MYR"e=NZD"e=SAR"e=TRY"e=RUB&"
. "quote=CZK"e=AED"e=CLP"e=EGP"e=MAD&"
. "quote=NGN"e=OMR"e=QAR";
my $content = get($address);
# I've removed $! from the die() error below. $! is the last
# *operating system* error. And making an HTTP request is not
# an operating system operation - so the contents will have no
# connection to the results of our GET request.
defined $content or die "Cannot read '$address'";
$content =~ s/^[^\n]*\n//s;
$content =~ s/^/20181231,/gm; # The m option makes ^ match at the start of each line
$content =~ s/,2018-12-3[0-9]T[0-9][0-9]:[0-9][0-9]:[0-9][0-9]\+0000*//g;
$content =~ s/([A-Z][A-Z][A-Z]),[0-9]*\.[0-9][0-9][0-9][0-9]/$1/g;
my @curOrd = qw( USD AUD BRL GBP CAD CNY DKK HKD INR IDR ILS JPY MXN
NOK PHP PLN SGD SKK ZAR KRW SEK CHF TWD THB EUR MYR
NZD SAR TRY RUB CZK AED CLP EGP MAD NGN OMR QAR );
my $i = 1;
my %curr_lookup = map { $_ => $i++ } @curOrd;
my @data = map { [ split /,/ ] } split /\n/, $content;
my $outfile = 'file2.txt';
@data = sort { $curr_lookup{$a->[2]} <=> $curr_lookup{$b->[2]} }
@data;
open my $out, '>', $outfile or die "Can't open $outfile for writing: $!";
say $out join ',', @$_ for @data;