Вы запускаете приложение из "Advertised Shortcut", который активирует функцию восстановления.
Решение 1 - установите образцы файлов только для чтения, а затем скопируйте их в папку для каждого пользователя, когда они используются (чтобы установщик Windows даже не знал о пользовательских копиях)
Решение 2. Задайте свойство DISABLEADVTSHORTCUTS , чтобы создавать "стандартные", а не "объявленные" ярлыки во время установки.
Вы действительно должны перепроектировать свое приложение так, чтобы установленные файлы никогда не изменялись, но если вам нужно быстрое и грязное исправление, решение 2, описанное выше, должно сработать.