Файловые операции требуют больших затрат, а базы данных оптимизировали чтение, особенно если вы также используете индексы.
Однако, применим ли общее описание к вашему конкретному случаю, зависит от многих вещей, например, вам нужно будет читать подпапки? У вас есть какая-то нестандартная логика для разбора? Вам нужно будет самим ответить на эти ответы, но, в общем, лучше хранить пути к папкам и файлам в вашей базе данных. Зависит также от их размера. А также в том месте, где находится ваша база данных (на одном компьютере с сервером приложений или удаленно).