Запуск исполняемого файла через зависание Java

Question

Когда я запускаю этот exe-файл через cmd, он работает нормально и завершает работу. Но когда я запускаю это через ProcessBuilder в java, программа застревает, и последняя строка, которая должна быть напечатана, не печатается, и именно поэтому java-программа не заканчивается, я не знаю, что заставляет мой код застревать процесс. вот мой код:

    public static void main(String[] args) throws IOException {
    // TODO Auto-generated method stub
    ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("main.exe", "C:\\Users\\ozdav\\Desktop\\f.FASTA");
    final Process process = builder.start();
    InputStream is = process.getInputStream();
    InputStreamReader isr = new InputStreamReader(is);
    BufferedReader br = new BufferedReader(isr);
    String line;
    while ((line = br.readLine()) != null) {
        System.out.println(line);
    }
    System.out.println("Program terminated!");
}