Конечно, просто измените строку 3 на
./runnable input.aa >output <<EOF
>
является оператором перенаправления вывода - он отправляет стандартный вывод в указанный файл.
Если вы также хотите зафиксировать стандартную ошибку (обычно сообщения об ошибках и т. Д.), Используйте
./runnable input.aa >output 2>errput <<EOF
вместо этого. Или вы можете получить их обоих в одном файле с
./runnable input.aa >alloutput 2>&1 <<EOF