Цикл for здесь не обрабатывает всю матрицу. Как видите, он перечисляет элементы последовательности, поэтому он зацикливается только на одном измерении.
Давайте рассмотрим простой пример:
t = np.array([1,2,3,4,5,6,7,8,9])
r = np.zeros((len(t), 10))
выход
array([[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.]])
тогда мы модифицируем элементы так же, как вы:
for i, s in enumerate(t):
r[i,s] = 1.
array([[0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1.]])
вы можете видеть, что цикл for изменяет только набор элементов (len (t)), который имеет индекс [i, s] (в данном случае; (0, 1), (1, 2), (2, 3), так далее))