В зависимости от количества столбцов, это может быть вариант. Вам нужно присоединиться ко всем столбцам:
df <- data.frame(col1 = c(1, 1, 2, 3, 4, 5, 6),
col2 = c(1, 1, 2, 3, 4, 5, 6))
df <- data.frame(idx = 1:7, df)
df <- inner_join(df, df, by = c("col1" = "col1", "col2" = "col2"))
df <- df %>% filter(idx.y > idx.x)
df[, c("idx.x", "idx.y")]