Я сейчас работаю над алгоритмом Смита-Уотермана. Я понимаю, что за счет увеличения штрафа за пробел будет получен меньший пробел в моем окончательном выравнивании, но мне нужен совет о том, как контролировать максимальную норму пробела (отношение пробела в обнаруженном символе)? Например:
Максимальный разрыв: 50%
Последовательность 1: ABBBBC
Последовательность 2: ABC
Окончательное выравнивание: AB --- C
Из общей длины обнаруженного символа, равной 6, он будет обнаруживать до 3-х зарезанных символов как похожие выравнивания. Спасибо.