Хорошо, вы можете запустить оба сервера по отдельности, но это будет означать, что Tomcat должен будет работать на другом порту. Вы также можете настроить PHP с Tomcat в качестве CGI-скрипта, как уже упоминалось, но я не знаю, даст ли это наилучшую производительность.
По моему опыту, лучший способ подключения Tomcat к Apache - через mod_jk conenctor. Вам просто нужно указать Apache, какие страницы перенаправить на сервер Tomcat, работающий за ним. Поскольку вы не дали больше информации о вашей системной среде, я могу дать вам только ссылку на общую документацию.