Вы не указали, сколько всего этих строк существует в вашем наборе данных, и как часто они обновляются.
Использование полностью основанного на PHP решения или решения для дисковых файлов - это хорошо, когда их всего несколько, и они редко обновляются; это становится кошмаром управления, когда их 1 млрд, и они обновляются со скоростью тысяч в минуту.
Начните с наиболее очевидного (наиболее обслуживаемого) решения, а затем оптимизируйте его, если производительность становится проблемой, и вы уверены, что это является ее источником.