(непроверенный) трюк, который может сработать, - это запустить вашу программу под Xnest .
что-то вроде этого псевдо шеллкода может работать:
#get root window id
RWINID=$(xwininfo -root |sed -n -e 's/.*Window.*id: \(0x[a-f0-9]\+\).*/\1/p')
#start Xnest on the root window
Xnest -parent $RWINID :5
DISPLAY=":5" myapp