В настоящее время вы сохраняете имя класса в файле данных, а также параметры объекта.
Следовательно, вы можете использовать NSClassFromString
для создания экземпляра этого пользовательского объекта класса и инициализации его состояния:
NSString *_myCustomClass = // get custom class name from data file...
id _myCustomObject = [[NSClassFromString(_myCustomClass) alloc] init];
// set up _myCustomObject's state from data file's parameters...
[_myMutableArray addObject:_myCustomObject];
[_myCustomObject release];