Предполагая, что вы имеете в виду использование AJAX-запроса для извлечения переменных ... лучший способ сделать это будет:
<?php
$array["var1"]="a";
$array["var2"]="foo";
echo json_encode($array);
?>
И на стороне JS вы хотели бы сделать:
json = eval( "(" + response + ")" );
И var1 и var2 будут json.var1 / json.var2
Edit:
В этом случае вы должны быть в состоянии сделать что-то вроде:
<script type="text/javascript">
var phpvars = <?php echo json_encode($array); ?>;
<script>
И просто поместите это выше, где будет включен whistle.js, и тогда Javascript в этом файле сможет получить доступ к переменным через phpvars. (Изменение файла variables.php таким образом, чтобы он имел тот же формат, что и выше, за исключением того, что его не повторяли).