Да и нет ... да, теперь вы можете запускать asp.net в Linux через Mono.
Тем не менее, я думаю, что на практике вы найдете гораздо больше ограничений, специфичных для платформы, чем в аналогичных Java-приложениях. Я редко вижу серьезные проблемы, связанные с платформой, даже в программном обеспечении среднего качества, написанном на Java.
С ASP.Net вы будете регулярно видеть приложения и сторонние библиотеки, которые практически не работают в Mono или просто не работают вообще. По моему опыту, усилия по переносу могут быть не очень высокими, но они намного выше, чем у аналогичных Java-приложений.