Исключение файла клиента javadb не имеет отношения к вашей реальной проблеме. Это сообщение уровня INFO, сообщающее вам, что оно искало место по умолчанию для библиотек баз данных Apache Derby, но не нашло их. Это место по умолчанию относится только к Payara Server, а не к Payara Micro.
Фактическая проблема, которую вы видите, в вашем комментарии. Я вижу, что вы используете версию Java, которая включает JPMS (модульная система). Модульность, представленная в Java 9, несовместима с вашей версией Payara Micro, поэтому вам потребуется версия Java не выше 8.
Вы можете запустить Payara Micro на Java 9+, явно добавив модуль java.se.ee, но в 4.181 не было никаких изменений, которые позволили бы Payara Micro действительно корректно работать с JPMS, поэтому он почти наверняка сломался бы. если вы пытались развернуть какое-либо сложное приложение.
TL; DR : измените на использование Java 8, потому что Payara Micro 4.181 не будет работать на Java 9 или выше. И сообщение javadb можно игнорировать.
Примечание: Даже если вы говорите, что используете Java 1.8, трассировка стека доказывает, что это не так. Дважды проверьте вашу установку Java и убедитесь, что обязательно используете Java 8.