В Netbeans запускаем проект. Он спросит вас, какой класс запустить (вы увидите список всех классов с методом "public static void main (String [])"). Как только вы это сделаете, в следующий раз, когда вы создадите класс, NetBeans покажет вам, как его запустить (с ведьмой -jar). Теперь вы сможете дважды щелкнуть по нему.