Здесь недостаточно реальной информации, чтобы дать «ответ». Я согласен с Мао в том, что построчная обработка на самом деле не является устойчивой, но это не является причиной такого ненормального поведения.
На основании относительной наивности вашего подхода я предполагаю, что вы, вероятно, создаете новый объект Connection для каждой строки файла. Я подозреваю, что происходит то, что вы достигаете ограничения на число одновременных соединений для вашего сервера DB2 - 50 кажется разумным для этого. Если вы делаете это, создайте один объект Connection и повторно используйте его для каждой обработанной строки.
В качестве альтернативы, если вы повторно используете один и тот же объект Соединения для всех линий, я думаю, что вполне вероятно, что сервер DB2 имеет некоторые необычные настройки, которые приводят к тому, что ваше соединение ведет себя неожиданным образом, например, ограничение на количество операций на соединение. Я не очень разбираюсь в DB2, поэтому не могу предложить какие-либо конкретные настройки для поиска. Вы можете попытаться обойти это, отключив и повторно подключив каждые 50 линий.