Ctrl + C должен послать сигнал SIGINT или аналогичный (сигнал для корректного выхода) процессу git; если это не помогает, вы можете выдать SIGQUIT с помощью Ctrl + \ ; И последнее, но не менее важное: вы всегда можете убить процесс с помощью диспетчера задач Windows.
Каталог, в который вы клонируете, может быть не в согласованном состоянии в результате уничтожения исполняемого файла git, поэтому вы можете удалить его, прежде чем пытаться клонировать снова, если git не делает этого за вас. При повторной попытке вы можете использовать флаг --depth=N для получения только последних N коммитов.