Использование файловых битов для этого, вероятно, неправильный подход - такие вещи, как Архив, предназначены для использования системными утилитами, которые могут изменять биты вне вашего контроля.
Вы должны либо вести отдельную запись о том, что было напечатано (в файле или реестре), либо, возможно, перемещать их в отдельные физические папки, чтобы различать их (в то время как ваше приложение может просто представить объединенное представление двух папок пользователь.)
Я бы не беспокоился о том, что нужно хранить отдельные записи об этом - его нужно обновлять только тогда, когда пользователи печатают, и печать определенно будет стоить дороже, чем обновление файла.