Сам FFmpeg можно использовать в приложениях для iphone, распространяемых в магазине приложений. См. Пример wunderradio: http://www.wunderradio.com/code.html
НО ... Я сейчас экспериментирую с этим, и я немного разочарован качеством результата. (не говоря уже о том, что на iphone кодирование выполняется медленно) Мне кажется, что без библиотеки x264 невозможно создать видео в формате MPEG-4 с достойным качеством. И x264 имеет лицензию GPL, поэтому, если вы используете его, вы должны раскрыть полный источник вашего проекта. (Или кто-нибудь придумал, как выбрать какой-нибудь пригодный для использования кодек из LGPL-d FFmpeg?)
Чего я не понимаю, так это того, что в магазине приложений сейчас много приложений для редактирования видео. Как они работают? Я провел довольно тщательный поиск и не смог найти ни одного кодека mpeg-4 с достаточно разрешительной лицензией. Они нарушают GPL? Они используют частный API? Я действительно не верю, что они создали доморощенный кодировщик mpeg4.