Здесь есть два способа для управления этими ситуациями:
- Закройте первый PR (филиал A) и объедините второй (филиал B)
- Слияние первого PR (ответвление A) и после этого слияние второго (ответвление B)
Первый вариант:

Второй вариант:

Что касается вашего второго вопроса, да, он будет безопасно объединен, если не будет конфликта.