Нет, в Mule 4 вы не можете напрямую изменять переменные.
Вы можете установить возвращаемое значение скрипта, чтобы переходить непосредственно к переменной, используя атрибут target, а его значением является имя переменной:
<scripting:execute engine="groovy" target="myVar">
Вероятно, также лучше - держать сценарий в стороне от особенностей мула.