Я не знаю, как и откуда вы выполнили 2-ю команду, но эта команда прошла через весь мой проект и сделала то, что похоже на соответствующие преобразования. Я запускал его из корня проекта, пока находился в моей IDE (PhpStorm, используя инструмент «Выполнить команду»). Я выполнил ту же команду, что и вы, например:
php vendor\phpoffice\phpspreadsheet\bin\migrate-from-phpexcel
После подтверждения «да» я увидел, что он пересекает каталог, изменяя различные файлы, но пропуская свои СОБСТВЕННЫЕ файлы.
Когда я тестировал свой скрипт, я обнаружил предупреждение о «нечисловом значении» от одного из его модулей ( Coordinate.php в строке 312 и строке 313). Я провел некоторое исследование по предупреждению, но не смог найти ничего, чтобы ответить на него, кроме людей, обвиняющих PHP 7.1 ** (у меня работает 7.2. *). Поэтому я отключил предупреждение, и моя таблица была создана именно так, как я указал.
Вот мое первое утверждение в моем скрипте 'create excel':
error_reporting(E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_WARNING);
Единственное другое «ручное» изменение, которое мне пришлось сделать, - это изменение формата файла «createWriter» с «Excel2007» на «Xlsx» - в точности так, как это указано в документации. Более сложная электронная таблица может потребовать больше ручной работы, но, вероятно, не так сильно, как указано выше.