Как параметры следует использовать в sitk.ReadImage ()? - PullRequest
Новая
       11

Как параметры следует использовать в sitk.ReadImage ()?

0 голосов
/ 16 января 2019

Я делаю исправление смещения N4 в файле .nii в python (Windows). Для этого я использую SimpleITK. Во время ввода изображения у меня возникают проблемы при чтении файла.

Код: 

 print("N4 bias correction runs.")
 inputImage =sitk.ReadImage("C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1.nii")
 maskImage = sitk.OtsuThreshold(inputImage,0,1,200) 
 sitk.WriteImage(maskImage,"C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1_Mask.nii")
 inputImage = sitk.Cast(inputImage,sitk.sitkFloat32)

 corrector = sitk.N4BiasFieldCorrectionImageFilter();

 output = corrector.Execute(inputImage,maskImage)
 sitk.WriteImage(output,"C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1_Mask.nii")
 print("Finished N4 Bias Field Correction.....")

Ошибка: 

RuntimeError                             
 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-26-0835d7f75708> in <module>()
      1 
      2 print("N4 bias correction runs.")
----> 3 inputImage = sitk.ReadImage("C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1.nii")
      4 
      5 maskImage = sitk.OtsuThreshold(inputImage,0,1,200)

~\Anaconda3\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py in ReadImage(*args)
   8612 
   8613     """
-> 8614     return _SimpleITK.ReadImage(*args)
   8615 class HashImageFilter(ProcessObject):
   8616     """

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: C:\Users\dashboard\Miniconda3\conda-bld\simpleitk_1521730316398\work\Code\IO\src\sitkImageReaderBase.cxx:89:
sitk::ERROR: The file "C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1.nii" does not exist.

1 Ответ

0 голосов
/ 16 января 2019

Если вы собираетесь использовать пути в стиле Unix, то вам нужен начальный слеш, поэтому путь к файлу должен быть: «/C/Users/LENOVO/Desktop/Brats18_2013_1_1_t1.nii/"

Или вы можете использовать пути в стиле Windows, тогда это будет: "C: \ Users \ LENOVO \ Desktop \ Brats18_2013_1_1_t1.nii"

...