$ awk '$2%50{print "error",$0}' file
error 1000 2501 1
error 1000 2601 1
если значение не кратно 50, оставшийся мод 50 будет отличен от нуля.
Полагаю, это то, что вы пытаетесь?
$ awk '$2%50 {err=FNR; exit}
END {if(err)
{print "Invalid file on line:", err;
print "Wrong File :", FILENAME;
exit 1}}' file
note END
не может быть ни в одном утверждении, может отображаться только как «условие», подобное BEGIN
.