Конечно, вы можете. Просто настройте vhost, чтобы оператор DocumentRoot указывал на то, что вы хотите, чтобы ваш корневой каталог был.
Например:
<VirtualHost *:80>
ServerName example.com
DocumentRoot "/var/www/my_site/home"
</VirtualHost>
Но учтите, что после этого все, что будет обновлено по пути DocumentRoot, будет недоступно Apache. Однако вы можете включить файлы обновления, используя функции require / include из PHP.
Возможно, вам также понадобится оператор Справочника для указания прав доступа к этому каталогу. Примером этого может быть:
<VirtualHost *:80>
ServerName example.com
DocumentRoot "/var/www/my_site/home"
<Directory "/var/www/my_site/home">
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
</VirtualHost>
Также не забудьте перезапустить Apache после любого изменения, внесенного в файл конфигурации vhost.