Ошибка подключения API Perl EnsEMBL - PullRequest
0 голосов
/ 08 мая 2018

Я только что опубликовал это на Biostars, но я думаю, что это, вероятно, более уместно здесь.

Я пытаюсь использовать Perl API EnsEMBL. На прошлой неделе это работало отлично с хоста, которым я пользуюсь. Я вернулся к нему через неделю, и пока что ничего не изменилось к этой ошибке.

На веб-странице API мой код содержит следующее:

Bio::EnsEMBL::Registry->load_registry_from_db(
  -host    => 'ensembldb.ensembl.org',
  -user    => 'anonymous',
  -verbose => '1'
);

Раньше это работало нормально, но теперь я получаю ошибку:

-------------------- EXCEPTION --------------------
MSG: Cannot connect to the Ensembl MySQL server at ensembldb.ensembl.org:3306; check your settings & DBI error message: Host **<IP address redacted>** is blocked because of many connection errors; unblock with 'mysqladmin flush-hosts'
STACK Bio::EnsEMBL::Registry::load_registry_from_db ../ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1769
STACK toplevel ./connect.pl:13
Date (localtime)    = Mon May  7 16:21:29 2018
Ensembl API version = 92
---------------------------------------------------

Я подключился к своему локальному mysql и выполнил FLUSH HOSTS, как он просил, но это не помогло. Я также пытался просмотреть предыдущие посты, чтобы увидеть, случалось ли это раньше - что было с BiomaRt, когда ensembl что-то изменил.

Эта ошибка возникает для других людей или только для меня? Я пытаюсь выяснить, на моем ли это конце или конце ансамбля. Когда я использую сценарий ping_ensembl.pl, он имеет ту же ошибку.

1 Ответ

0 голосов
/ 08 мая 2018

Я не получил никаких ответов на это, но это нормально. Я публикую последующие меры на случай, если кто-нибудь столкнется с этой проблемой в будущем.

Проблема решилась сама за одну ночь. Проблема была не на моем конце.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...