Если вам нужно количество всех массивов, которые вы можете использовать уникальных :
import numpy as np
a = np.array([[1, 2, 3], [2, 3, 4], [3, 4, 5], [1, 2, 3]])
uniques, counts = np.unique(a, return_counts=True, axis=0)
print([(unique, count) for unique, count in zip(uniques, counts)])
выход
[(array([1, 2, 3]), 2), (array([2, 3, 4]), 1), (array([3, 4, 5]), 1)]